Ahora desde Netbeans en tu aplicacion en la pestaña Libraries le das click derecho y elige
Add JAR/FILE

En la ventana que aparece selecciona el archivo mysql-connector-ja
va-(version)-bin.jar.
Acepta

Con esto habras agregado la libreria a tu aplicacion.En las librerías deberías tener algo asi
Y listo...ya puedes conectarte a la base de datos Mysql
Ahora vamos a probar la conexion con la siguiente clase
import java.sql.*;public class Conexion {static String bd = "tu_BD";static String login = "usuario";static String password = "contraseña";static String url = "jdbc:mysql://localhost/"+bd;public static void main(String[] args) throws Exception {Connection conn = null;try {Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver").newInstance();conn = DriverManager.getConnection(url,login,password);if (conn != null) {System.out.println("Conexión a base de datos "+url+" ... Ok");conn.close();}} catch(SQLException ex) {System.out.println("Hubo un problema al intentar conectarse con la base de datos "+url);} catch(ClassNotFoundException ex) {System.out.println(ex);}}}

Algo básico...espero les sirva